Pesantren Zainul Hasan Genggong didirikan oleh KH. Zainal Abidin pada tahun 1839 M/1250 H dan telah mengalami 4 estafet kepemimpinan yang disebut dalam istilah Pesantren sebagai pengasuh Pesantren. Pengasuh dan pendiri pertama adalah KH. Zainal Abidin, pengasuh kedua KH. Moh. Hasan, pengasuh ketiga KH. Hasan Saifour Ridzal dan pengasuh keempat hingga saat ini adalah KH. Moh. Hasan Mutawakkil Alallah. Pada tahun 2020 Pesantren telah berusia 181 tahun.

Keharuman nama Pesantren semakin tersebar dengan penataan manajemen Pesantren dan mutu pendidikan yang semakin tahun semakin berkualitas. Mutu pendidikan yang berkualitas telah menjadi identitas lulusan Pesantren yang terbukti dengan lulusan setiap satuan pendidikan yang semakin tahun menuai prestasi baik dalam lingkup regional maupun kancah internasional. Hal ini juga mendorong grafik jumlah santri yang terus meningkat setiap tahunnya.

Dengan didirikannya beberapa lembaga pendidikan formal seperti SMK, SMA UNGGULAN, MA MODEL, Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Hafshawaty Pesantren Zainul Hasan maka akses pengembangan Pesantren semakin luas.

Untuk memudahkan manajemen pengelolaan di pendidikan formal dan non formal maka Ketua Yayasan Pesantren Zainul Hasan Genggong memiliki orientasi pengembangan berupa legalitas formal pendirian Yayasan Hafshawaty dengan notaris Ahmad Fauzi, SH dan telah berbadan hukum dari kementrian Menkumham dengan nomor C-2519.HT.01.02 tahun 2006. Dengan berdirinya Yayasan Hafshawaty Pesantren Zainul Hasan Genggong maka setiap santri pada setiap satuan pendidikan tersebut di atas wajib berdomisili di Pondok Pesantren agar memiliki dua kompetensi penguasaan dasar ilmu kepesantrenan dan menguasai keilmuan sesuai satuan pendidikan, dengan tetap menjaga istiqomah rajin belajar di sekolah dan rajin mengaji di Pesantren. Dengan cara inilah keunggulan karakteristik masing-masing santri akan dicapai.